تشمل الهيكلة الإدارية للمفوضية الإدارات المركزية التالية:
- الإدارة الإدارية والمالية
- إدارة العون الاجتماعي والتدخل الاستعجالي
- إدارة تعزيز الصمود والمشاريع الجمعوية
- إدارة مرصد الأمن الغذائي والمتابعة والتقييم
- إدارة دعم التغذية
- إدارة المخازن
- إدارة النقل واللوازم
- إدارة رقابة التسيير
- إدارة الأشخاص والمعلوماتية
وتطلع هذه الإدارات بتنسيق العمل الإداري والميداني للمفوضية، كما تشمل الهيكلة الإدارية للمفوضية مندوبيات جهوية تغطي كافة ولايات الوطن، بمعدل مندوبية جهوية لكل ولاية، ويدير العمل في المندوبيات الجهوية مناديب جهويون برتبة مدير.