تشمل الهيكلة الإدارية للمفوضية الإدارات المركزية التالية:
- الإدارة الإدارية والمالية
- إدارة العون الاستعجالي
- إدارة المخازن
- إدارة التغذية
- إدارة مرصد الأمن الغذائي
- إدارة اللوجستيك والنقل
- إدارة البرامج التنموية
- إدارة رقابة التسيير
- إدارة الأشخاص والمعلوماتية
وتطلع هذه الإدارات بتنسيق العمل الإداري والميداني للمفوضية، كما تشمل الهيكلة الإدارية للمفوضية مندوبيات جهوية تغطي كافة ولايات الوطن، بمعدل مندوبية جهوية لكل ولاية، ويدير العمل في المندوبيات الجهوية مناديب جهويون برتبة مدير.