تضم الهيكلة الإدارية للمفوضية، المفوض المساعد، الذي يقوم بمساعدة مفوض الأمن الغذائي في أداء مهامه، كما يحل محله في حالة الغياب، والمكلفون بمهام والذين يسند إليهم المفوض عند الحاجة التكفل والقيام بمعالجة أي ملف، وباستطاعتهم تنسيق بعض المهام الدائمة، كما يمكن للمفوض تكليفهم بمهام ظرفية، كما تشمل المستشارين الذين يتولون إعداد الدراسات والمذكرات وتقديم الآراء والمقترحات حول الملفات التي يعهد بها إليهم المفوض، وباستطاعتهم بتكليف من المفوض تنسيق مهام معينة دائمة أو ظرفية أو التكفل بقضايا محددة، كما يضم المستشارون وفق الهيكلة الإدارية مستشارون متخصصون في قضايا محددة، تدخل في صلب اهتمام عمل المفوضية، وتشمل الهيكلة الإدارية أيضا خلايا لتنسيق العمل برئاسة مكلف بمهمة أو مستشار، وتتولى تسيير مهام مخصوصة، وتتألف الخلايا من طاقم برتبة مدير مساعد، يتراوح عدد أفراده من واحد إلى ثلاثة بمواصفات محددة، تحددها طبيعة المهام المعنية، كما يشمل ديوان المفوضة مدير ديوانها، بالإضافة للملحقين بالديوان، والكاتب الخاص والسكرتيريا المركزية. كما تشمل الهيكلة الإدارية للمفوضية المفتشية العامة للمفوضية، وتتمثل مهمتها في القيام بعديا بحماية وصون أصول المفوضية، والسهر على تطبيق الإجراءات المعمول بها، ويتولى رئاستها مفتش عام برتبة مستشار، يساعده عدد من المفتشين برتبة مدير. وفضلا عن كل هذا تشمل الهيكلة الإدارية للمفوضية، عدة إدارات مركزية تتولى تسيير العمل الإداري للمفوضية، كما تشمل مندوبيات جهوية تغطي كافة ولايات الوطن، وتضم كل إدارة مركزية رؤساء مصالح وأقسام وأطر دعم فني.
